長崎の出産費用はいくら？県内29施設の費用目安と出産育児一時金との差額【2026年10月】

長崎県で出産する場合、国の統計で正常分娩の平均出産費用は約47.5万円と、全国平均の約52万円より4.5万円ほど安くなっています。ただし、この平均は個室料などを除いた額で、実際に窓口で請求される総額はもっと高くなります。厚生労働省の「出産なび」で、個室料なども含めた総額の目安が公表されている県内29施設では、目安（中央値）が46.2万円から59.5万円まで開きがあります。

この記事では、出産なびの公開データと国の統計をもとに、長崎県内の産院の出産費用の目安を地域別にまとめ、出産育児一時金との差額や、負担を軽くする公的な制度を整理しました。産院を選ぶときの費用の比較や、出産までに用意しておくお金の見積もりに使ってください。

本サイトは民間が運営する情報メディアであり、長崎県および行政の公式サイトではありません。

長崎県の出産費用の平均は47.5万円で全国平均より安い

厚生労働省が公表している正常分娩の都道府県別の平均出産費用（2024年度）で、長崎県は475,256円でした。全国平均の519,805円より44,549円安く、全国で最も高い東京都（648,309円）とは17万円以上の差があります。最も安いのは熊本県の404,411円です（厚生労働省 医療保険部会の資料）。

この平均出産費用は、出産にかかった費用の総額から、個室料や産科医療補償制度の掛金などを除いたものです。実際に産院の窓口で請求される額は、個室を使ったかどうかなどで平均より高くなることがあります。出産費用は全国的に年々上がっていて、国はこれを理由に出産の給付の仕組みを見直すことを決めました（詳しくは後述）。

長崎県の平均47.5万円は出産育児一時金（50万円）を下回りますが、個室料などを含めた総額で見ると話が変わります。後で紹介するように、出産なびで総額の目安が公表されている県内の産院の多くは50万円を超えていて、一時金だけでは足りずに差額を払うことになります。

県内29施設の出産費用の目安は46万〜60万円

出産なびは、厚生労働省が全国の産院の出産費用やサービスを公表しているサイトです。年間の分娩の件数が一定以上の施設は、直接支払制度を使う条件として、出産なびで費用などを公表することになっています。長崎県内では33施設が登録されていて、そのうち29施設で費用の目安が公表されています。

以下の表では、地域ごとに、費用の目安（中央値。平均だけの施設は平均）が高い順に並べました。「表示なし」は、出産なびで数字や対応が表示されていない項目です。「半数が収まる幅」は、その施設の分娩のうち、真ん中の半数の費用がこの範囲に入っているという意味です。施設名から、出産なびの各施設のページを開けます。

長崎市と時津町の産院の費用目安は51万〜55万円台

長崎市と時津町の産院の費用目安は次のとおりです。

施設	市町	費用目安（中央値）	半数が収まる幅	無痛分娩
プロジェクト・マム さくらの里助産院	長崎市	平均62.8万円	表示なし	表示なし
地方独立行政法人長崎市立病院機構長崎みなとメディカルセンター	長崎市	55.8万円	52.3万円〜59.2万円	医学的な理由のみ
まつお産科・婦人科クリニック	長崎市	55.5万円	54.1万円〜56.0万円	表示なし
医療法人愛育会花みずきレディースクリニック	長崎市	55.0万円	53.4万円〜57.0万円	表示なし
三浦産婦人科	時津町	54.2万円	53.2万円〜54.2万円	希望で可
医療法人　小濱産婦人科医院	長崎市	54.0万円	52.5万円〜55.1万円	医学的な理由のみ
医療法人宝マタニティクリニック	長崎市	53.8万円	53.4万円〜54.1万円	表示なし
医療法人しもむら産婦人科	長崎市	53.5万円	51.9万円〜54.5万円	希望で可
渕レディスクリニック	長崎市	53.4万円	51.4万円〜54.3万円	表示なし
医療法人社団レディースクリニックICHIRO	長崎市	52.1万円	51.7万円〜52.5万円	表示なし
池田産科－ＹＯＵ－婦人科医院	長崎市	51.8万円	50.8万円〜52.7万円	医学的な理由のみ
長崎大学病院	長崎市	表示なし	表示なし	医学的な理由のみ
いまむらウィミンズクリニック	長崎市	表示なし	表示なし	医学的な理由のみ

長崎市は県内で最も産院が多く、費用の目安は51万〜55万円台に集まっています。長崎みなとメディカルセンターは、半数が収まる幅が52.3万〜59.2万円と、ほかの施設より広くなっています。長崎大学病院といまむらウィミンズクリニックは、出産なびで費用の目安が公表されていません。助産院のプロジェクト・マム さくらの里助産院は、中央値ではなく平均（62.8万円）だけが公表されています。

佐世保市と佐々町の産院の費用目安は50万〜58万円台

佐世保市と佐々町の産院の費用目安は次のとおりです。

施設	市町	費用目安（中央値）	半数が収まる幅	無痛分娩
地方独立行政法人　佐世保市総合医療センター	佐世保市	58.3万円	55.8万円〜59.6万円	表示なし
医療法人佐世保晩翠会村上病院	佐世保市	56.9万円	55.4万円〜59.3万円	希望で可
つきやま産婦人科	佐世保市	53.9万円	53.5万円〜54.3万円	表示なし
産科・婦人科・麻酔科　東島レディースクリニック	佐世保市	53.3万円	51.5万円〜60.6万円	希望で可
国家公務員共済組合連合会佐世保共済病院	佐世保市	53.1万円	50.3万円〜56.7万円	表示なし
平井産婦人科医院	佐々町	50.9万円	50.6万円〜51.2万円	表示なし

佐世保市では、佐世保市総合医療センターが58.3万円、村上病院が56.9万円と高めで、つきやま産婦人科や佐世保共済病院は53万円台です。佐々町の平井産婦人科医院は50.9万円で、幅も50.6万〜51.2万円と小さく、費用が読みやすい施設です。東島レディースクリニックは中央値が53.3万円ですが、幅の上限が60.6万円と広くなっています。

県央では大村市の長崎医療センターの費用目安が最も高い

諫早市・大村市・川棚町の産院の費用目安は次のとおりです。

施設	市町	費用目安（中央値）	半数が収まる幅	無痛分娩
独立行政法人国立病院機構長崎医療センター	大村市	59.5万円	54.4万円〜63.8万円	医学的な理由のみ
たらみエンゼルレディースクリニック	諫早市	54.6万円	53.3万円〜57.5万円	医学的な理由のみ
マムレディースクリニック	諫早市	54.1万円	52.3万円〜55.3万円	表示なし
独立行政法人地域医療機能推進機構　諫早総合病院	諫早市	53.3万円	50.4万円〜56.6万円	表示なし
立石産婦人科医院	諫早市	51.8万円	50.4万円〜52.9万円	表示なし
医療法人福重会レディースクリニックしげまつ	大村市	51.7万円	49.8万円〜54.2万円	表示なし
医療法人安永産婦人科医院	諫早市	50.6万円	50.1万円〜50.8万円	表示なし
まつお産婦人科	川棚町	50.3万円	50.1万円〜51.6万円	表示なし

県央地域では、国立病院機構の長崎医療センター（大村市）が59.5万円で、県内で最も高い目安です。県内の周産期母子医療センターの一つで、幅の上限も63.8万円と高めです。一方、諫早市の安永産婦人科医院や川棚町のまつお産婦人科は50万円台前半に収まっています。

島原半島と離島には費用目安が50万円を下回る産院がある

島原市・南島原市と、五島市・対馬市・壱岐市の産院の費用目安は次のとおりです。

施設	市町	費用目安（中央値）	半数が収まる幅	無痛分娩
長崎県壱岐病院	壱岐市	平均53.7万円	表示なし	表示なし
山崎産婦人科医院	島原市	51.3万円	50.9万円〜51.9万円	希望で可
品川病院	壱岐市	50.8万円	49.4万円〜51.5万円	表示なし
いその産婦人科	南島原市	49.2万円	48.8万円〜50.1万円	表示なし
長崎県五島中央病院	五島市	47.7万円	43.3万円〜49.8万円	表示なし
長崎県対馬病院	対馬市	46.2万円	43.3万円〜50.1万円	表示なし

島原半島と離島には、費用の目安が出産育児一時金の50万円を下回る施設があります。長崎県対馬病院は46.2万円で県内で最も安く、五島中央病院も47.7万円、南島原市のいその産婦人科は49.2万円です。長崎県壱岐病院は、中央値ではなく平均（53.7万円）だけが公表されています。離島では島外の病院で出産する場合の交通費や宿泊費もかかるため、市町の助成とあわせて考える必要があります。

出産なびの費用目安は個室料などを含めた総額

出産なびの「費用目安」は、出産育児一時金の直接支払制度の専用請求書に書かれた、入院料・室料差額・分娩料・新生児管理保育料・検査や薬剤の料金・処置や手当の料金・産科医療補償制度の掛金・その他の合計です。つまり、産院の窓口で請求される出産費用の総額に近い数字です。

一方、出産なびの施設ページにある「基本的な分娩費用」は、この総額から室料差額・産科医療補償制度の掛金・その他を除いたものです。長崎市の宝マタニティクリニックやレディースクリニックICHIROのように、費用目安と基本的な分娩費用の差が15万円ほどある施設もあります。基本的な分娩費用には、室料差額と産科医療補償制度の掛金のほか、お祝い膳などの医療以外のサービスにあたる「その他」の費用が含まれないため、施設によって差の大きさが違います。

個室の差額は施設ごとに大きく違います。出産なびには「個室の有無」と、施設が記載した場合の差額が載っていて、たとえば長崎みなとメディカルセンターは個室1日8,000円、小濱産婦人科医院は個室代無料の部屋と1日3,000〜5,000円の部屋があると公表しています。大部屋か個室か、何日入院するかで総額が変わるので、産院を見学するときに確認しておきましょう。

出産育児一時金は原則50万円で産院に直接支払われる

健康保険や国民健康保険などの公的医療保険に入っている人が出産すると、子ども1人につき原則50万円の出産育児一時金が、入っている保険から支給されます（厚生労働省）。産科医療補償制度に入っていない施設での出産や、妊娠22週未満の出産では48.8万円です（全国健康保険協会）。双子なら2人分の100万円が支給されます。一時金は産院に直接支払われる方法が一般的で、受け取り方によって、退院のときに窓口で用意するお金の額が変わります。

直接支払制度と受取代理制度と償還払いの違い

出産育児一時金の受け取り方には、直接支払制度・受取代理制度・償還払いの3つがあります。多くの産院が使っている直接支払制度では、健康保険から産院に一時金が直接支払われるため、退院するときに窓口で払うのは、出産費用の総額から50万円を引いた差額だけです。

出産費用が50万円より少なかった場合は、差額を後から健康保険に請求して受け取れます。直接支払制度を使えるかどうかは施設によって違い、出産なびの各施設のページで確認できます。長崎県内でも、長崎みなとメディカルセンターのように受取代理制度も使える施設があります。

長崎県内の産院の費用目安から見た窓口での差額

費用目安（中央値）から50万円を引くと、長崎市の多くの産院では2万〜6万円ほど、佐世保市総合医療センターや長崎医療センターでは8万〜10万円ほどが、窓口で払う差額の目安になります。対馬病院や五島中央病院のように費用目安が50万円を下回る施設では、差額を払わずに済み、逆に健康保険から残りを受け取れる可能性があります。

ただし、これは中央値で見た目安です。半数が収まる幅の上限で見ると、長崎医療センターは63.8万円で差額は13.8万円、東島レディースクリニックは60.6万円で10.6万円になります。退院のときの支払いに備えるなら、選んだ産院の幅の上限から50万円を引いた額を目安に用意しておくと、その施設の分娩の4分の3はこの額までに収まる計算です。

希望すれば無痛分娩ができると登録している施設は5つ

出産なびには、無痛分娩への対応も載っています。長崎県内で「希望による無痛分娩可能」と登録しているのは、医療法人佐世保晩翠会村上病院、三浦産婦人科、産科・婦人科・麻酔科　東島レディースクリニック、山崎産婦人科医院、医療法人しもむら産婦人科の5施設です。「医学的な適応がある場合のみ対応可能」と登録している施設は7施設で、そのほかの施設は出産なびで「ー」と表示されています。

無痛分娩の費用を出産なびに登録しているのは、県内では3施設です。山崎産婦人科医院（島原市）は初産婦121,000円・経産婦88,000円、村上病院（佐世保市）は100,000円、小濱産婦人科医院（長崎市）は40,000円と登録しています（2026年10月15日時点）。これらは通常の分娩費用に上乗せされる額で、費用目安の表の金額には含まれていません。

ほかの施設は、無痛分娩の費用を登録していません。希望する場合は、追加でいくらかかるか、24時間対応か、計画分娩になるかを、産院に直接確認する必要があります。

帝王切開などの保険診療は高額療養費の対象

正常分娩は病気ではないため健康保険が使えませんが、帝王切開や吸引分娩、切迫早産の治療など、医療行為が必要になった部分は保険診療になります。保険診療の自己負担が1か月で一定額を超えた場合は、高額療養費制度で超えた分が払い戻されます。事前に「限度額適用認定」を受けるかマイナ保険証を使えば、窓口での支払いを上限額までに抑えられます。

帝王切開などで保険診療になった場合も、出産育児一時金は支給されます。一方、個室料や食事代などの保険がきかない費用は高額療養費の対象になりません。出産なびの費用目安は保険診療を行っていない分娩のデータなので、帝王切開の費用の目安にはならず、予定帝王切開の場合は産院に見込み額を確認する必要があります。

医療費控除や出産手当金など負担を軽くする制度

出産費用の負担は、出産育児一時金のほかにも、税金の控除や健康保険の給付、市町村の給付で軽くできます。対象になるかどうかは、会社員か自営業か、住んでいる市町村はどこかなどで変わるため、自分に当てはまる制度を確認しておきましょう。

確定申告の医療費控除と会社員が受け取れる出産手当金

妊婦健診や出産の費用は、確定申告の医療費控除の対象になります。国税庁によると、控除の額は、1年間に払った医療費から出産育児一時金などで補てんされた額を引き、さらに10万円（総所得金額等が200万円未満の人はその5%）を引いた額です。出産費用は一時金で大部分が補てんされるため、ほかの医療費と合わせて10万円を超えるかどうかを計算してみる必要があります。

対象になる費用について、国税庁は、妊婦健診や検査の費用と通院費、出産で入院するときに通常の交通手段が使えずタクシーを使った費用、入院中の病院の食事代は対象になる一方、寝巻きや洗面具などの身の回り品の購入費は対象にならないと説明しています。

会社の健康保険に入っている人が出産で仕事を休んだ場合は、出産手当金が支給されます。対象は出産の日以前42日（双子以上は98日）から出産の翌日以後56日目までの休んだ期間で、休んだ期間に給与が出ていても、その日額が出産手当金の日額より少なければ差額が支給されます。

妊婦のための支援給付と新上五島町の出産費用補助

2025年度から法律にもとづく制度として、市町村を通じて妊婦のための支援給付が支給されています。胎児の心拍が確認された後に申請して認定を受けると5万円、その後、妊娠している子どもの人数を届け出ると子ども1人につき5万円が支給されます。出産費用そのものの補助ではありませんが、出産の準備にあてられるお金です。

長崎県内の市町で、出産費用そのものを独自に補助しているのは、確認できた範囲では新上五島町です。2025年10月以降に出産した人を対象に、出産費用が出産育児一時金（50万円）を超えた額の2分の1を、15万円を上限に補助しています。離島や遠方に住む妊婦には、島外の病院への通院や出産前の待機にかかる交通費や宿泊費を助成する市町もあります。

出産の標準的な費用は自己負担なしになる予定

出産費用が年々上がり、出産育児一時金を引き上げても妊婦の負担が減らないことから、国は出産の給付の仕組みを変えることを決めました。2026年6月5日に公布された「健康保険法等の一部を改正する法律」（令和8年法律第31号）で、出産の標準的な費用に妊婦の自己負担が生じないようにする見直しが盛り込まれています。

新しい仕組みでは、保険診療ではない分娩について国が1件あたりの基本単価を決め、健康保険から産院に直接支払います。あわせて、すべての妊婦に定額の現金給付を行うことも盛り込まれています。ただし、お祝い膳などのアメニティの費用は対象外で、施設の選択によって、当分の間は施設ごとに今の出産育児一時金の仕組みを続けることもできるとされています。

始まるのは公布から2年以内に政令で定める日で、2026年10月時点では開始日も、基本単価や現金給付の金額も示されていません。正常分娩に健康保険が使えるようになるわけではなく、出産育児一時金に代わる新しい給付ができるという変更です。新しい制度が始まるまでは、これまでどおり出産育児一時金で出産費用をまかないます。

長崎の出産費用と出産育児一時金に関するよくある質問

出産費用について、本文で扱っていない点をまとめました。